Een lang geleden uitgeweken mensenkolonie is in volledige afzondering en na een bittere overlevingsstrijd ontwikkeld tot een volledig nieuw ras met duidelijk militaristische kantjes. Hun lichaam kon niet tegen de specifiek eigenschappen van de planeet waardoor veel leden stierven. Een aantal personen muteerde en bleef zo in leven. Zij voelden zich superieur, ze zijn sterker, sneller en noemden zichzelf daarom Helghast. In het eerste deel, dat op de PlayStation 2 verscheen, voerden de Helghast een aanval uit op jouw planeet Vekta.

Het verhaal van Killzone 2 speelt zich twee jaar af na de gebeurtenissen uit het eerste deel. Dit keer zijn de rollen omgedraaid en valt ISA de thuisplaneet van de Helghast binnen. Spelers treden in de schoenen van Sev, een veteraan bij het ISA special forces team genaamd Legion, wiens missie het is om de Helghast leider, Emperor Visari, te ontvoeren en een einde te maken aan de Helghast.