Alpha Protocol is een actie-rpg waarin je speelt als Michael Thorton, een jonge CIA-agent. Thorton is de enige persoon die de informatie heeft om een internationale ramp te kunnen voorkomen. Je zult hierin keuze moeten gaan maken, zoals afstand nemen van mensen die je belooft hebt te beschermen. Iedere keuze die je maakt heeft invloed op de wereld en je kan zo ook Michael Thorton vormen tot het type geheime agent als jij wil.